現在 Movable Type 4 を使ったサイト構築をしています。正直言って、MTをカスタムして構築するサイトには使えません。
確かに MT4 の機能で便利になった部分はあるのですが、それ以上に不便な面が多いです。

その一番の理由は、MT3 までに使えていた、様々なプラグインが使えないこと。MT4 ではテンプレートの仕組みが大きく変わり、数々のMTタグ追加されたことで効率的なテンプレートの管理もできますが、これまで愛用していた強力なプラグインが使えないことによってカスタムの幅が極端に狭く、作業効率も悪いです。システムも重いですし。

また、MT4 で実装された WYSIWYGエディタですが、これで吐き出される XHTML ははっきり言ってダメです。多くの WYSIWYGエディタがそうですが、これもWeb標準なサイトには使えません。

で、もう MT3 は使えないのかというと、そうではありませんでした。

Six Apart - Movable Type 3 （販売終了）について

Movable Type 3の利用権に期限はございませんので、ご利用を続けられることに問題はございません。

Movable Type 3を新規にご利用いただきたい場合はMovable Type 4の基本ライセンスをご購入ください。Movable Type 3またはMovable Type 4のどちらかをダウンロード、利用することができます。Movable Type 3のユーザー追加をする際もMovable Type 4の追加ユーザーライセンスをご購入ください。

よって、MT4 のライセンス費用で、制作する案件によって MT3 を利用するか MT4 を利用するか選べばよいわけですね。当分、MT3 だな。